Озонированная вода широко используется в гастроэнтерологии для приема внутрь при эзофагитах, гастритах, язвенной болезни, хроническом холецистите. При колите и дисбактериозе применяется при мониторном очищении кишечника (гидроколонотерапии) или в клизме.
В гинекологии орошение озонированной водой, спринцевание и обработка влагалища осуществляются при лечении воспалений, инфекций (герпес, цитомегаловирус, папиломовирус человека, хламидиоз, уреаплазмоз и микоплазмоз, трихомониаз и др.), а также молочницы, кольпитов, вагинитов, эрозии шейки матки.
В стоматологической практике этот метод применяется в виде полосканий для дезинфекции полости рта при пародонтозе, стоматите, гингивите, нагноении полостей корневых каналов, инфицированных ранах, запахе изо рта.